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Changeset 5529 for trunk/SRC/org/openmicroscopy/shoola/env/data/OmeroMetadataServiceImpl.java

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Timestamp:
07/04/08 14:59:37 (5 months ago)
Author:
jburel
Message:

Fixed update of tag description

Files:
1 modified

  • trunk/SRC/org/openmicroscopy/shoola/env/data/OmeroMetadataServiceImpl.java (modified) (4 diffs)

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/SRC/org/openmicroscopy/shoola/env/data/OmeroMetadataServiceImpl.java

    r5519 r5529  
    103103        } 
    104104         
     105        /**  
     106         * Prepares the annotation to add. 
     107         *  
     108         * @param toAdd The collection of annotation to prepare. 
     109         * @return See above. 
     110         * @throws DSOutOfServiceException If the connection is broken, or logged in 
     111         * @throws DSAccessException If an error occured while trying to  
     112         * retrieve data from OMEDS service. 
     113         */ 
     114        private List<AnnotationData> prepareAnnotationToAdd( 
     115            List<AnnotationData> toAdd) 
     116        throws DSOutOfServiceException, DSAccessException 
     117    { 
     118                List<AnnotationData> annotations = new ArrayList<AnnotationData>(); 
     119                Iterator i; 
     120                if (toAdd == null || toAdd.size() == 0) return annotations; 
     121                i = toAdd.iterator(); 
     122                AnnotationData ann; 
     123                Annotation iobject = null; 
     124                FileAnnotationData fileAnn; 
     125                FileAnnotation fa; 
     126                OriginalFile of; 
     127                List<Annotation> toCreate = new ArrayList<Annotation>(); 
     128                List<IObject> links = new ArrayList<IObject>(); 
     129                TextualAnnotationData desc; 
     130                TagAnnotationData tag; 
     131                IObject link = null; 
     132                Map map = (new PojoOptions()).map(); 
     133                while (i.hasNext()) { 
     134                        ann = (AnnotationData) i.next(); 
     135                        if (ann.getId() < 0) { 
     136                                if (ann instanceof FileAnnotationData) { 
     137                                        fileAnn = (FileAnnotationData) ann; 
     138                                        of = gateway.uploadFile(fileAnn.getAttachedFile(),  
     139                                                        fileAnn.getServerFileFormat()); 
     140                                        fa = new FileAnnotation(); 
     141                                        fa.setFile(of); 
     142                                        iobject = fa; 
     143                                } else { 
     144                                        if (ann instanceof TagAnnotationData) { 
     145                                                IObject r = gateway.createObject( 
     146                                                                ModelMapper.createAnnotation(ann), map); 
     147                                                tag = (TagAnnotationData) ann; 
     148                                                desc = tag.getTagDescription(); 
     149                                                if (desc != null) { 
     150                                                        link = ModelMapper.createAnnotationAndLink(r, desc); 
     151                                                        if (link != null)  
     152                                                                gateway.createObject(link, map); 
     153                                                } 
     154                                                annotations.add( 
     155                                                                (AnnotationData) PojoMapper.asDataObject(r)); 
     156                                        } else  
     157                                                iobject = ModelMapper.createAnnotation(ann); 
     158                                }  
     159                                if (iobject != null) 
     160                                        toCreate.add(iobject); 
     161 
     162                        } else { 
     163                                if (ann instanceof TagAnnotationData) { 
     164//                                      update description 
     165                                        tag = (TagAnnotationData) ann; 
     166                                        updateAnnotationData(tag); 
     167                                } 
     168                                annotations.add(ann); 
     169                        } 
     170 
     171                } 
     172 
     173                if (toCreate.size() > 0) { 
     174                        i = toCreate.iterator(); 
     175                        IObject[] array = new IObject[toCreate.size()]; 
     176                        int index = 0; 
     177                        while (i.hasNext()) { 
     178                                array[index] = (IObject) i.next(); 
     179                                index++; 
     180                        } 
     181                        IObject[] r = gateway.createObjects(array,  
     182                                        (new PojoOptions()).map()); 
     183                        annotations.addAll(PojoMapper.asDataObjects(r)); 
     184                } 
     185                if (links.size() > 0) { 
     186                        i = links.iterator(); 
     187                        IObject[] array = new IObject[links.size()]; 
     188                        int index = 0; 
     189                        while (i.hasNext()) { 
     190                                array[index] = (IObject) i.next(); 
     191                                index++; 
     192                        } 
     193                        gateway.createObjects(array, (new PojoOptions()).map()); 
     194                } 
     195                return annotations; 
     196    } 
     197 
     198        /** 
     199         * Links the annotation and the data object. 
     200         *  
     201         * @param data       The data object to annotate. 
     202         * @param annotation The annotation to link. 
     203         * @throws DSOutOfServiceException If the connection is broken, or logged in 
     204         * @throws DSAccessException If an error occured while trying to  
     205         * retrieve data from OMEDS service. 
     206         */ 
     207        private void linkAnnotation(DataObject data, AnnotationData annotation) 
     208                throws DSOutOfServiceException, DSAccessException 
     209        { 
     210                Class ioType = gateway.convertPojos(data.getClass()); 
     211                IObject ho = gateway.findIObject(ioType, data.getId()); 
     212                ModelMapper.unloadCollections(ho); 
     213                ILink link = null; 
     214                boolean exist = false; 
     215                IObject annObject; 
     216                if (annotation instanceof TagAnnotationData) { 
     217                        TagAnnotationData tag = (TagAnnotationData) annotation; 
     218//                      tag a tag 
     219                        if (TagAnnotationData.class.equals(data.getClass())) { 
     220                                annObject = tag.asIObject(); 
     221                                ModelMapper.unloadCollections(annObject); 
     222                                link = (ILink) gateway.findAnnotationLink( 
     223                                                AnnotationData.class, tag.getId(), ho.getId()); 
     224                                if (link == null)  
     225                                        link = ModelMapper.linkAnnotation(annObject, ho); 
     226                        } else { 
     227                                annObject = tag.asIObject(); 
     228                                ModelMapper.unloadCollections(annObject); 
     229                                link = (ILink) gateway.findAnnotationLink(ho.getClass(),  
     230                                                ho.getId(), tag.getId()); 
     231                                if (link == null) 
     232                                        link = ModelMapper.linkAnnotation(ho, annObject); 
     233                                else { 
     234                                        updateAnnotationData(tag); 
     235                                        exist = true; 
     236                                } 
     237                        } 
     238                } else if (annotation instanceof RatingAnnotationData) { 
     239                        clearAnnotation(data.getClass(), data.getId(),  
     240                                        RatingAnnotationData.class); 
     241                        link = ModelMapper.linkAnnotation(ho, annotation.asIObject()); 
     242                } else { 
     243                        annObject = annotation.asIObject(); 
     244                        ModelMapper.unloadCollections(annObject); 
     245                        link = ModelMapper.linkAnnotation(ho, annObject); 
     246                } 
     247                if (link != null)  
     248                        gateway.createObject(link, (new PojoOptions()).map()); 
     249        } 
    105250        /** 
    106251         * Updates the passed annotation. 
    … …  
    122267                        TagAnnotationData tag = (TagAnnotationData) ann; 
    123268                        TextualAnnotationData description = tag.getTagDescription(); 
    124                         if (description != null) { 
     269                        //if (description != null) { 
    125270                                id = tag.getId(); 
    126271                                if (id >= 0) { 
    127                                         /* 
    128                                         List links = gateway.findAnnotationLinks(Annotation.class,  
    129                                                                               id, null); 
    130                                         if (links != null) { 
    131                                                 Iterator i = links.iterator(); 
    132                                                 long userID = getUserDetails().getId(); 
    133                                                 AnnotationAnnotationLink aaLink; 
    134                                                 List<IObject> toRemove = new ArrayList<IObject>();  
    135                                                 while (i.hasNext()) { 
    136                                                         aaLink = (AnnotationAnnotationLink) i.next(); 
    137                                                         ho = aaLink.getChild(); 
    138                                                         if (ho.getDetails().getOwner().getId() == userID) { 
    139                                                                 toRemove.add(ho); 
    140                                                                 gateway.deleteObject(aaLink); 
    141                                                         } 
    142                                                 } 
    143                                                 i = toRemove.iterator(); 
    144                                                 while (i.hasNext()) { 
    145                                                         gateway.deleteObject((IObject) i.next()); 
    146                                                 } 
    147                                         } 
    148                                         */ 
     272                                         
    149273                                        gateway.removeTagDescription(id, getUserDetails().getId()); 
    150274                                }        
    … …  
    154278                                if (link != null)  
    155279                                        gateway.createObject(link, (new PojoOptions()).map()); 
    156                         } 
    157                 } 
    158                  
    159         } 
    160          
    161         /** 
    162          * Clears the passed annotations linked to the annotation  
    163          * specifed by the id. 
    164          *  
    165          * @param parentID                              The id of the parent annotation. 
    166          * @param childrenAnnotations   The collection of linked annotations. 
    167          * @throws DSOutOfServiceException If the connection is broken, or logged in 
    168          * @throws DSAccessException If an error occured while trying to  
    169          * retrieve data from OMEDS service.  
    170          */ 
    171         private void clearAnnotationAnnotationLink(long parentID,  
    172                                                          List childrenAnnotations) 
    173                 throws DSOutOfServiceException, DSAccessException  
    174         { 
    175                 if (childrenAnnotations == null ||  
    176                                 childrenAnnotations.size() == 0) return; 
    177                 Iterator i = childrenAnnotations.iterator(); 
    178                 List<Long> ids = new ArrayList<Long>(); 
    179                 List<IObject> toRemove = new ArrayList<IObject>();  
    180                 long userID = getUserDetails().getId(); 
    181                 AnnotationData data; 
    182                 while (i.hasNext()) { 
    183                         data = (AnnotationData) i.next(); 
    184                         if (data.getOwner().getId() == userID) { 
    185                                 ids.add(data.getId()); 
    186                                 toRemove.add(data.asIObject()); 
    187                         } 
    188                 } 
    189                 List l = null; 
    190                 if (ids.size() != 0) 
    191                         l = gateway.findAnnotationLinks(Annotation.class, parentID, ids); 
    192                 if (l != null) { 
    193                         i = l.iterator(); 
    194                         while (i.hasNext()) { 
    195                                 gateway.deleteObject((IObject) i.next()); 
    196                         } 
    197                         i = toRemove.iterator(); 
    198                         while (i.hasNext()) { 
    199                                 gateway.deleteObject((IObject) i.next()); 
    200                         } 
    201                 } 
     280                        //} 
     281                } 
     282                 
    202283        } 
    203284         
    … …  
    721802                }        
    722803                return annotations; 
    723         } 
    724          
    725         private List<AnnotationData> prepareAnnotationToAdd( 
    726                                                 List<AnnotationData> toAdd) 
    727                 throws DSOutOfServiceException, DSAccessException 
    728         { 
    729                 List<AnnotationData> annotations = new ArrayList<AnnotationData>(); 
    730                 Iterator i; 
    731                 if (toAdd == null || toAdd.size() == 0) return annotations; 
    732                 i = toAdd.iterator(); 
    733                 AnnotationData ann; 
    734                 Annotation iobject = null; 
    735                 FileAnnotationData fileAnn; 
    736                 FileAnnotation fa; 
    737                 OriginalFile of; 
    738                 List<Annotation> toCreate = new ArrayList<Annotation>(); 
    739                 List<IObject> links = new ArrayList<IObject>(); 
    740                 TextualAnnotationData desc; 
    741                 TagAnnotationData tag; 
    742                 IObject link = null; 
    743                 Map map = (new PojoOptions()).map(); 
    744                 while (i.hasNext()) { 
    745                         ann = (AnnotationData) i.next(); 
    746                         if (ann.getId() < 0) { 
    747                                 if (ann instanceof FileAnnotationData) { 
    748                                         fileAnn = (FileAnnotationData) ann; 
    749                                         of = gateway.uploadFile(fileAnn.getAttachedFile(),  
    750                                                                                 fileAnn.getServerFileFormat()); 
    751                                         fa = new FileAnnotation(); 
    752                                         fa.setFile(of); 
    753                                         iobject = fa; 
    754                                 } else { 
    755                                         if (ann instanceof TagAnnotationData) { 
    756                                                 IObject r = gateway.createObject( 
    757                                                                 ModelMapper.createAnnotation(ann), map); 
    758                                                 tag = (TagAnnotationData) ann; 
    759                                                 desc = tag.getTagDescription(); 
    760                                                 if (desc != null) { 
    761                                                         link = ModelMapper.createAnnotationAndLink(r, desc); 
    762                                                         if (link != null)  
    763                                                                 gateway.createObject(link, map); 
    764                                                 } 
    765                                                 annotations.add( 
    766                                                                 (AnnotationData) PojoMapper.asDataObject(r)); 
    767                                         } else  
    768                                                 iobject = ModelMapper.createAnnotation(ann); 
    769                                 }  
    770                                 if (iobject != null) 
    771                                         toCreate.add(iobject); 
    772                                  
    773                         } else { 
    774                                 if (ann instanceof TagAnnotationData) { 
    775                                         //update description 
    776                                         tag = (TagAnnotationData) ann; 
    777                                         updateAnnotationData(tag); 
    778                                 } 
    779                                 annotations.add(ann); 
    780                         } 
    781                                  
    782                 } 
    783                  
    784                 if (toCreate.size() > 0) { 
    785                         i = toCreate.iterator(); 
    786                         IObject[] array = new IObject[toCreate.size()]; 
    787                         int index = 0; 
    788                         while (i.hasNext()) { 
    789                                 array[index] = (IObject) i.next(); 
    790                                 index++; 
    791                         } 
    792                         IObject[] r = gateway.createObjects(array,  
    793                                                        (new PojoOptions()).map()); 
    794                         annotations.addAll(PojoMapper.asDataObjects(r)); 
    795                 } 
    796                 if (links.size() > 0) { 
    797                         i = links.iterator(); 
    798                         IObject[] array = new IObject[links.size()]; 
    799                         int index = 0; 
    800                         while (i.hasNext()) { 
    801                                 array[index] = (IObject) i.next(); 
    802                                 index++; 
    803                         } 
    804                         gateway.createObjects(array, (new PojoOptions()).map()); 
    805                 } 
    806                 return annotations; 
    807         } 
    808          
    809         private void linkAnnotation(DataObject data, AnnotationData annotation) 
    810                 throws DSOutOfServiceException, DSAccessException 
    811         { 
    812                 Class ioType = gateway.convertPojos(data.getClass()); 
    813                 IObject ho = gateway.findIObject(ioType, data.getId()); 
    814                 ModelMapper.unloadCollections(ho); 
    815                 ILink link = null; 
    816                 boolean exist = false; 
    817                 IObject annObject; 
    818                 if (annotation instanceof TagAnnotationData) { 
    819                         TagAnnotationData tag = (TagAnnotationData) annotation; 
    820                         //tag a tag 
    821                         if (TagAnnotationData.class.equals(data.getClass())) { 
    822                                 annObject = tag.asIObject(); 
    823                                 ModelMapper.unloadCollections(annObject); 
    824                                 link = (ILink) gateway.findAnnotationLink( 
    825                                                 AnnotationData.class, tag.getId(), ho.getId()); 
    826                                 if (link == null)  
    827                                         link = ModelMapper.linkAnnotation(annObject, ho); 
    828                         } else { 
    829                                 annObject = tag.asIObject(); 
    830                                 ModelMapper.unloadCollections(annObject); 
    831                                 link = (ILink) gateway.findAnnotationLink(ho.getClass(),  
    832                                                                                                         ho.getId(), tag.getId()); 
    833                                 if (link == null) 
    834                                         link = ModelMapper.linkAnnotation(ho, annObject); 
    835                                 else exist = true; 
    836                         } 
    837                 } else if (annotation instanceof RatingAnnotationData) { 
    838                         clearAnnotation(data.getClass(), data.getId(),  
    839                                         RatingAnnotationData.class); 
    840                         link = ModelMapper.linkAnnotation(ho, annotation.asIObject()); 
    841                 } else { 
    842                         annObject = annotation.asIObject(); 
    843                         ModelMapper.unloadCollections(annObject); 
    844                         link = ModelMapper.linkAnnotation(ho, annObject); 
    845                 } 
    846                 if (link != null)  
    847                         gateway.createObject(link, (new PojoOptions()).map()); 
    848804        } 
    849805         

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